Работа с детьми по индивидуальным программам согласно психо-физиологическим особенностям и состоянию здоровья каждого ребенка обеспечивает сочетание успешной учебы с полноценным отдыхом и оздоровлением. Целью программы по физической культуре является формирование у учащихся основ здорового образа жизни и деликатная работа над их физической формой. Систематические разноплановые занятия (имеются собственные бассейн, сауна, просторный физкультурный зал) укрепляют организм ребенка, делают его развитие гармоничным и последовательным, прививают потребность в регулярных спортивных нагрузках. Уровень воды в бассейне регулируется в зависимости от группы, а в физкультурном зале имеется все необходимое оснащение для проведения спортивных игр. 

Плавание наряду с уроком физической культуры включено в расписание не только воспитанников детского сада, но и школьников. Многие дети учатся плавать именно в «Школе Наследие». Физическая нагрузка на уроках варьируется в зависимости от состояния здоровья и уровня подготовки ребенка: для детей после болезни предлагается комплекс упражнений ЛФК. В теплую сухую погоду занятия проходят на открытом воздухе. 

Есть секции по восточным единоборствам (каратэ), футболу, современным танцам, индивидуальные занятия по плаванию.